A instituição das Misericórdias em Portugal é obra da rainha D. Leonor, irmã de D. Manuel e viúva de D. João II, durante o final do século XV. Do primeiro compromisso, da Misericórdia de Lisboa, sucedem-se por toda a parte as fundações de casas de Misericórdia. Na Lousã, a Santa Casa da Misericórdia surge em 1566, desconhecendo-se qualquer documento respeitante à ação desenvolvida no primeiro século de existência, que não algumas actas de sessões da Mesa e o Alvará Régio de D. Sebastião, que aprova o compromisso da Irmandade da Misericórdia. Passados dois anos, é concluída a construção da capela e casa do despacho, onde os irmãos reuniam. O primeiro provedor de que há notícia, em acta de 1691, é Luís Bayão Carrisso.
Sob a administração da Santa Casa da Misericórdia da Lousã funcionou uma albergaria e um centro de assistência social, que procuravam cumprir com algumas obras de misericórdia, tais como dar pousada aos peregrinos, vestir os nus e dar de comer a quem tem fome e de beber a quem tem sede. Há também registo, em actas, da existência de “mamposteiros”, indivíduos que se propunham a fazer recolha de donativos destinados ao resgate de cativos em países estrangeiros e de presos condenados pela Justiça comum que aguardavam retidos por falta de pagamento ou por pena pecuniária. Era ainda a obra de enterrar os mortos cumprida através da presença da Irmandade como obrigatória em todos os funerais e ao seu Provedor competia o direito de marcar a hora de sua saída. Deixando a Irmandade de reunir número suficiente de Irmãos para acompanhar os funerais, vê-se desaparecer tal hábito.
Das actas de sessões de 1782, 1783 e 1817 se prova que existiam casas do “Ospital”, procurando a Instituição curar os enfermos. Em 1861 é assinalado o desaparecimento de tais casas, que haviam sido demolidas. Ficando a Lousã privada da presença de um edifício hospitalar, é de louvar a iniciativa tomada por João Elisário de Carvalho Monte Negro e um grupo de cidadãos dedicados à sua terra, em 1865, de constituir uma comissão a quem se deu o empreendimento da construção de uma unidade hospitalar – o Hospital de São João. Ainda hoje é referido como o “hospital do povo da Lousã”, porque fora implementado e construído às suas custas. Em 1866, no dia 24 de Junho, dia do aniversário do Comendador Monte Negro, é colocada a primeira pedra do edifício. A 11 de Março de 1868, as obras do hospital são terminadas, mas sem meios para o abrir. Devido à falta de meios financeiros e de uma administração coesa e organizada, em 1888 o hospital é entregue à Santa Casa da Misericórdia da Lousã, instituição local de assistência social com melhores condições para a sua gestão. Neste ano entraram 31 doentes, saíram curados 22, melhorados 6, falecidos 3.
Como a Santa Casa da Misericórdia da Lousã tinha apenas como função a administração geral do hospital, faltando algum controlo ao serviços clínicos e de enfermagem, em 1936 a enfermagem, direção e administração do Hospital passam a ser da responsabilidade das Irmãs Franciscanas Missionárias de Maria. Estas alargaram os serviços clínicos, com um laboratório e um serviço de alta cirurgia, devido à generosidade do Doutor Américo Viana de Lemos e o Professor Doutor Bissaya Barreto, mas que em pouco tempo cessaram. Também sob responsabilidade das Irmãs e com o intuito de ensinar, funcionou uma creche, destinada a crianças oriundas de famílias desfavorecidas, criada a 19 de Março de 1937, mas que já antes teria sido instalada num velho edifício contíguo ao hospital. Eram admitidas até 80 crianças de ambos os sexos, com idades compreendidas entre os 4 e os 6 anos. Apresentavam mensalidades reduzidas ou nulas. Funcionou ainda uma casa do trabalho, onde davam educação cristã e ensinavam raparigas a fazer bordados e costura, e uma colónia balnear, para crianças, em Buarcos.
Em 1960 aumentam o quadro de pessoal, com a criação de uma secretaria e com uma secção de serviço social, para aliviar o provedor dessas funções. Também nos serviços clínicos surgem os partos. Em 1962 é criado o Lar de idosos da Santa Casa da Misericórdia da Lousã.
A partir de 1976, com a nacionalização dos hospitais, surge uma Misericórdia sem subsistema hospitalar e ao velho hospital sucede o Centro de Saúde da Lousã. Desta forma, a Santa Casa passa a dedicar-se exclusivamente à creche e ao lar.
Em 1978 surge o Centro de Dia. Em 1982 ergue-se um novo compromisso, em que os Órgãos dirigentes passam de uma Junta Geral da Irmandade e de uma Mesa Administrativa para uma Assembleia Geral, uma Mesa Administrativa e um Conselho Fiscal. Em 1988 é criado o Serviço de Apoio Domiciliário (SAD), na Lousã, bem como um lar residencial para pessoas com deficiência. É também fundado um jardim-de-infância, destinado a crianças com idades compreendidas entre os 3 e os 6 anos, passando a creche a abranger os mais pequenos, entre os 0 e os 3 anos. Em 1994 surgem os apartamentos com rendas sociais. Em 1994 e 2001, surge em Foz de Arouce o SAD e o Centro de Dia, respetivamente.
Hoje a Santa Casa da Misericórdia da Lousã é definida como uma Instituição Particular de Solidariedade Social, sem fins lucrativos e de âmbito regional, que procura intervir no âmbito da ação social, apresentando respostas sociais que se concretizam através de diversos equipamentos e serviços.