São corpos gerentes da Santa Casa da Misericórdia a Assembleia Geral, a Mesa Administrativa e o Conselho Fiscal. O mandato social tem a duração de quatro anos e inicia-se com a Tomada de Posse, sendo que os titulares dos Órgãos mantém as funções até à posse dos novos titulares. O exercício de qualquer cargo nos Órgãos Sociais é gratuito, mas pode justificar o pagamento de despesas dele derivadas.
A Assembleia Geral é dirigida pela respetiva Mesa, à qual compete representar a Assembleia, bem como garantir o funcionamento democrático da Instituição, residindo nela o poder soberano deliberativo.
É então composta por um presidente, Filomena Maria Carvalho Martins Oliveira, um vice-presidente, Deolinda Maria Fernandes Martins, e um secretário, Ana Luísa Ascenso Reis Simões.
A Mesa Administrativa tem como função administrar a Instituição, sendo constituída por sete membros efetivos, dos quais um é o Provedor, e quatro suplentes.
Para o quadriénio 2016-2019 foram eleitos João Filipe Miranda da Franca, Provedor, Mário Alves Maduro, Vice-Provedor, António Adelino Silva Fernandes, tesoureiro, Hermínio Rodrigues Almeida, Secretário, e Manuel Henriques Silva Fernandes, João Pedro Santos Braga e António Manuel Jesus Antunes, Vogais.
Os quatro suplentes são João Carlos Almeida Miranda, Manuel Parola Gonçalves, Maria Helena Gomes Correia e Rui Cunha Simões Fernandes.
O Conselho Fiscal é o órgão de fiscalização, sendo composto por três membros e três suplentes. São eles o Presidente, Artur Teixeira Pedroso, o Vice-Presidente, António Victor Conceição Correia, e o Secretário, Damião Fernandes Martins. São suplentes António José Fernandes Ferreira, Francisco Tomé Victor e José Manuel Simões Martins.
